پس از بازداشت محمد حبیبی در روز ۲۰ اردیبهشت ۱۳۹۷، همراه با ضرب و شتم وانتقال به مکان نامعلوم با پیگیری خانواده حبیبی و دوستان مشخص شد که محمد حبیبی عضو هیات مدیره کانون تهران در یکی از سلول های انفرادی سازمان اطلاعات سپاه تحت بازجویی و شکنجه قرار دارد.
بنا به گفته یکی از معلمان بازداشت شده که روز ۲۱ اردیبهشت به دادسرای اوین منتقل شده بود و چند لحظه موفق به ملاقات با محمد حبیبی شده بود « محمد حبیبی در وضعیت جسمی نامناسبی بوده به نحوی که یکی از دستانش بی حس (لمس ) بوده و پاهایشان را هنگام راه رفتن روی زمین کشیده می شد و می لنگید و صورت وی متورم و کبود شده بود.»
روز گذشته ۲۳ اردیبهشت، محمد حبیبی طی تماس کوتاه با همسر خود اطلاع داد که در بازداشتگاه به صورت بلاتکلیف به سر می برد. وی از انتقال خود به دادسرا اوین روز جمعه همانند سایر معلمان بازداشتی به همسر خود خبر داد و ادامه داد که برای وی وثیقه ۵۰ میلیون تومانی صادر شده است.
اما مسئولان قضایی پس از مراجعه خانواده حبیبی به دادسرا اطلاع دادند که پرونده ایشان به دلیل اینکه پرونده قبلیشان در شعبه دو بازپرسی بوده به آنجا ارجاع داده شده است و در دست بررسی است.
لازم به ذکر است که طی تجمع فرهنگیان در روز ۲۰ اردیبهشت ۱۳۹۷، بیش از ۱۵ تن از معلمان معترض مقابل سازمان برنامه و بودجه تهران بازداشت شدند که ۷ تن از آنان در همان روز با پیگیری های انجام شده توسط دوستان و خانواده شان آزاد شدند اما ۷ تن از معلمان از جمله عالیه اقدام دوست، رسول بداقی، محمدتقی فلاحی، رحمان عابدینی، اسماعیل گرامی، حسین غلامی، جواد ذوالنوری پس از ۳ روز بازداشت در زندان اوین پس از تبدیل قرار وثیقه به قرار کفالت روز ۲۳ اردیبهشت از زندان آزاد شدند .
محمد حبیبی یکی دیگر از بازداشت شدگان روز همچنان در بازداشت به سر می برد.
